26 апреля 1996 г. Президент Украины издал Указ о создании Чернобыльского центра – научно-исследовательского учреждения, подведомственного Кабинету Министров Украины.

Чернобыльский центр начал свою работу в области изучения последствий Чернобыльской аварии, ядерной и радиационной безопасности, снятия с эксплуатации энергоблоков АЭС. Офис Центра располагался в г. Киеве.

В 1997 году совместным решением Чернобыльского центра, администрации ЧАЭС, Славутичского городского совета, представителей Министерства энергетики США (DOE) и Тихоокенской Северо-западной национальной лаборатории США (PNNL) было создано отделение Чернобыльского центра в г. Славутиче – Славутичская лаборатория международных исследований и технологий (СЛАМИТ).
Работы по созданию, становлению и развитию Лаборатории велись при активной поддержке PNNL и DOE, США.

В июле 1998 г. Украина и США подписали соглашение о создании Международной радиоэкологической лаборатории (МРЛ).
С началом работы МРЛ Чернобыльский центр расширил сферы своей деятельности и начал предоставлять услуги в области радиоэкологии и радиобиологии, совместно с украинскими и зарубежными коллегами проводить ряд исследований в Чернобыльской зоне отчуждения.

В августе 2000 г. в соответствии с Постановлением Кабинета Министров Украины создано обособленное подразделение Чернобыльского центра – Центр мониторинга проектов (ЦМП). Создание ЦМП открывает перед Чернобыльским центром перспективы в освоении нового направления деятельности - мониторинга проектов в области ядерной безопасности, радиоактивных отходов и радиоэкологии.

С 2000 г. в составе Чернобыльского центра работает Лаборатория анализа безопасности, основным направлением деятельности которой является выполнение расчетно-аналитических задач в области анализа безопасности АЭС с реакторами ВВЭР.

В феврале 2002 г., спустя 2 года после закрытия Чернобыльской АЭС, главный офис Чернобыльского центра перенесен из г. Киева в г. Славутич. В Славутиче работают практически все группы управления рядом международных проектов, в частности, выполняющих работы в рамках снятия ЧАЭС с эксплуатации, обращения с радиоактивными отходами, преобразования объекта «Укрытие».

Одной из важных задач, стоящих перед Чернобыльским центром, является создание новых рабочих мест для трудоустройства профессионалов высокого уровня, которые будут высвобождаться с Чернобыльской АЭС в связи с досрочным снятием станции с эксплуатации. Деятельность Чернобыльского центра неразрывно связана с развитием г. Славутича, с решением проблем, стоящих перед его жителями после закрытия ЧАЭС.

Чернобыльский центр является национальным представителем Международного Чернобыльского центра (МЧЦ) - договорной формы международного научно-технического сотрудничества в сфере изучения последствий Чернобыльской катастрофы.